Fin 1991, Izzy Stradlin quitte le groupe. Il est remplacé par Gilby Clark. En 1993, le groupe sort un album de reprise intitulé The Spaghetti Incident pour montrer aux fans du groupe la musique qui les a eux même inspiré. Puis, la carrière de ce groupe a été plombée par les frasques de certains membres du groupe, en particulier, le chanteur Axl Rose qui a eu dans les années 1990 des problèmes de drogue, ou judiciaire. Le groupe est disloqué milieu '95, mais celui-ci arrive tout de même à sortir un double album live en 1999 intitulé Live Era '87-'93 qui enchaîne différentes chansons du groupe lors de différents concerts. En 2004 sort Greatest Hits qui est un Best-Of du groupe.
Malgré une résurrection du groupe (seuls Axl Rose et Dizzy Reed font partie du line-up original ; à signaler tout de même, à l'un des shows de New York préparatoires de la tournée, la participation de Izzy Stradlin, guitariste rythmique jusqu'en 1991 et qui n'avait plus joué avec les Guns depuis 1993 et son remplacement momentané de Gilby Clarke), leur album Chinese Democracy est attendu depuis des années et devrait en toute logique sortir en 2006 après une tournée. Brian May, le guitariste du groupe QUEEN, a participé à 3 morceaux écrits par Axl mais pour l'instant, seule la présence de l'un d'eux (Catcher in the Rye) a été confirmée sur l'album et est écoutable sur Internet. Quant aux autres membres, ils ont créé un nouveau groupe : Velvet Revolver.